Con l'anno accademico 2001/02, la riforma ,di cui al D.M. 509/99 appena citato, prese le mosse con la graduale attivazione delle lauree triennali, la concomitante graduale disattivazione di quelle pluriennali preesistenti e la scomparsa, anch'essa graduale, dei diplomi. Nacquero così le Lauree triennali in Ingegneria Ambientale e del Territorio, Civile ( a Bari e a Foggia), Edile, Elettrica, Elettronica, Gestionale ( a Bari e a Foggia),  Informatica, Meccanica (a Bari e a Foggia), dell'Automazione e delle Telecomunicazioni.  Fu anche introdotto il ben noto sistema dei crediti.

Il 1° Ottobre 2003 divenne Preside il Prof. Renato Cervini, in concomitanza con il nuovo Rettore Prof. Salvatore Marzano.

Sempre in attuazione del D.M. 509/99, partì, nel 2003/04, il Corso di Laurea Specialistica in Ingegneria Edile-Architettura, a numero programmato, di durata quinquennale, con attivazione contemporanea dei cinque anni di corso.
Sempre dal 2003/04  cominciò ad operare la Laurea Specialistica in Ingegneria Meccanica, anch'essa con contemporanea attivazione dei due anni previsti.

Furono istituiti i Consigli Unitari di Classe in sostituzione dei Consigli di Corso di Laurea: a ciascuno di essi afferirono le lauree e le lauree specialistiche tra loro affini.

Nell'anno accademico 2004/05 furono gradualmente attivate ulteriori lauree specialistiche e precisamente quelle di Ingegneria Civile ,  Tutela del Territorio, Elettrica, Gestionale, dell'Automazione, Informatica, Elettronica, delle Telecomunicazioni.

Tutte le lauree erogate a Taranto, sia quelle triennali che quelle specialistiche, furono, a differenza dei diplomi , autonome e dipesero perciò dalla II Facoltà sita nella Città Jonica. Esse coprirono, a entrambi i livelli, tre aree tipiche dell'Ingegneria e cioè Civile-Ambientale, Industriale e dell'Informazione.

A Foggia partirono ben quattro corsi di laurea triennali e precisamente quelli di Ingegneria Civile, Meccanica, Elettrica e Gestionale.

Sempre con riferimento al D.M. 509/99, fu creata, a partire dal 2005/06, la Laurea Specialistica in Ingegneria Edile. L'offerta didattica complessiva raggiunse così il suo massimo.

Nel frattempo un nuovo Decreto, il D.M. 270 del 22 Ottobre 2004, venne prospettando un modello alquanto discosto dal 3+2 precedentemente attuato, proponendo un percorso per il primo livello cosiddetto a Y (1+2+2), caratterizzato da un anno di base e due successive opzioni, ciascuna delle quali di due anni: una professionalizzante che porta alla laurea di tre anni e l'altra che consente di accedere, con adeguata preparazione, alla laurea biennale che viene definita Magistrale.

Solo con due decreti attuativi, recanti entrambi la data del 16 Marzo 2007, furono rese note le modalità attuative di questa ennesima riforma, modalità che furono più volte modificate con disposizioni successive, sulle quali non è opportuno soffermarsi.

Dal 1°Ottobre 2009 divenne Preside il Prof. Antonio Dell'Aquila, in concomitanza con il nuovo Rettore del Politecnico Prof. Nicola Costantino.

In pari data, dal 2009/10, vi furono le modificazioni dell'ordinamento didattico dettato dalle nuove norme. Le lauree triennali, dette semplicemente Lauree, partirono gradualmente sulla base del D.M. 270/04, mentre le specialistiche continuarono ad essere erogate con il D.M. 509/99. La Specialistica in Ingegneria Edile divenne Ingegneria dei Sistemi Edilizi; i corsi di laurea di Foggia si ridussero da quattro a due, con la conferma solo di quelli in Civile e Meccanica. Scomparvero a Bari  i corsi triennali autonomi in  Ingegneria dell'Automazione e delle Telecomunicazioni che furono rispettivamente accorpate a Informatica ed Elettronica.

La situazione rimase praticamente invariata nel 2010/11 quando tutti i corsi rientrarono nell'ambito del D.M. 270/04. Quelli impartiti a Foggia si ridussero però alla sola Ingegneria Civile.

Nel 2011/12, una normativa, dettata dal D.M. n. 17 /10, più restrittiva in tema di attivabilità dei corsi, costrinse le autorità Accademiche ad effettuare degli accorpamenti creando delle lauree interfacoltà tra Bari e Taranto e trasformando l'unico corso di Foggia in un indirizzo della Laurea Interfacoltà in Ingegneria Civile e Ambientale.

Per tutti i corsi di laurea triennali fu stabilito un numero programmato di iscrizioni, diverso da corso a corso, con relativa prova di selezione.