La nuova Facoltà cominciò a funzionare a pieno titolo; prese perciò a svilupparsi il suo primo periodo di vita che si può convenzionalmente far terminare con l'anno accademico 1971/72.

Fu nominato il Comitato Tecnico Ordinatore costituito dai Proff. Anastasio Anastasi e Basilio Focaccia dell'Università di Roma e Girolamo Ippolito dell'Università di Napoli; questo organismo ebbe, come per legge , il compito di dirigere la nuova Facoltà in attesa che fosse possibile costituire il relativo Consiglio Le funzioni di Preside furono tuttavia svolte ancora dal Prof Giovanni Candura fino al 12 Aprile 1949, in quanto , solo nella seduta del 13 Aprile, il Comitato tecnico ordinatore designò nel suo ambito il Prof Girolamo Ippolito quale Professore cui affidare le funzioni di Preside. Il Ministro della Pubblica Istruzione pertanto, presa nozione di tale nomina, pregava il Rettore di voler esprimere il più vivo ringraziamento al Prof Candura per l'opera da lui svolta.

Un anno dopo, nel 1950, fu nominato il primo Professore di ruolo della Facoltà nella persona del Prof. Achille Petrignani  di Architettura  Tecnica, che entrò a far parte, del Comitato e si vide conferire, il 25 Maggio 1950, la carica di Preside in sostituzione del Prof. Ippolito,il quale, pur continuando a far parte del Consesso, non riteneva più di potersi occupare a pieno tempo dei molteplici e pressanti problemi della nuova Facoltà.

In data 30 Gennaio 1951 il Comitato Tecnico cessava di esistere in quanto , con la nomina di tre ulteriori docenti di ruolo nelle persone dei Proff. Antonino Asta (Elettrotecnica), Roberto Breglia (Macchine) ed Edoardo Orabona (Costruzioni Idrauliche) si costituì il Consiglio di Facoltà , che, riunitosi per la prima volta nella nuova composizione, confermò il Prof. Petrignani nella carica di Preside. A questi successe, il 30 Novembre 1951, il Prof. Edoardo Orabona che l'avrebbe ininterrottamente ricoperta fino al 31 Ottobre 1972.

Nel frattempo, con il D.P.R. n. 451 del 21 Aprile 1949, pubblicato sulla G.I. n. 174 del 1° Agosto 1949, era stato fissato il primo statuto della Facoltà  che prevedeva il Triennio di applicazione per la Sezione civile, comprendente tre Sottosezioni (Edile, Idraulica e Trasporti). Il Biennio propedeutico, di cui vennero definiti gli insegnamenti fondamentali, fu aggregato alla Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali della quale avrebbe fatto parte fino al 1959/60.

I primi anni di funzionamento della Facoltà non furono facili: essi si svolsero tra difficoltà, proteste e incomprensioni che talvolta sfociarono in una vera e propria ostilità. Si pensi ad esempio che, nell' adunanza del 13 Gennaio 1948, appositamente convocata dal Rettore, il Senato Accademico dovette esprimere ufficialmente una vibrata protesta per la campagna denigratoria contro l' Ateneo barese, iniziata fin da quando era stata resa nota, seppure ufficiosamente, l'approvazione da parte del Consiglio dei Ministri, del decreto per la costituzione di nuove facoltà, tra cui l'Ingegneria, e condotta, più specificatamente con la pubblicazione di taluni articoli sul Giornale d'Italia.

Ma i problemi furono anche dovuti ai ritardi con cui partirono alcuni corsi: vi furono agitazioni studentesche, assemblee e varie contestazioni. La stessa cittadinanza barese del resto , come forse ere inevitabile che accadesse, non comprese subito l'importanza che la Facoltà di Ingegneria avrebbe potuto avere per la crescita culturale della Città e della Regione, dimostrandosi talvolta diffidente nei suoi confronti  e scettica circa la sua validità. Solo dopo diversi anni essa cominciò ad apprezzare e a comprendere l'importanza della nuova Istituzione e ad essere soddisfatta della sua presenza sul territorio.

Già nella prima fase di esistenza  cominciò in essa a svilupparsi e ad acquistare via via sempre maggiore consistenza l'attività scientifica. Essa si svolgeva nei sei Istituti previsti nello statuto che erano Idraulica, Macchine, Scienza delle Costruzioni, Architettura, Trasporti, Fisica Tecnica ed Elettrotecnica.  Nel loro ambito  furono messe le basi dei futuri sviluppi della ricerca che nel seguito avrebbe conferito prestigio all'Istituzione. Le attività si svolgevano in locali di fortuna ubicati al piano terra e al secondo piano dell'edificio della Camera di Commercio di Corso Cavour   , oltre che in altri precari punti di appoggio nell'allora sede della Facoltà di Economia di Corso Trieste e, verso la fine degli anni '50, nell'edificio dell'Ateneo di Piazza Umberto I. Si cominciò inoltre ad allestire, sia pure in sedi provvisorie, i primi laboratori sperimentali.

Un rilevante impulso alle attività  fu determinato dalla copertura a partire dalla metà degli anni Cinquanta, di alcune discipline fondamentali da parte di  docenti esterni vincitori di concorso ,che, nel periodo di permanenza a Bari, contribuirono a far germogliare in loco una classe di studiosi locali che avrebbero costituito, negli anni successivi, la struttura portante della Scuola barese. Tra costoro si possono ricordare i proff. Elio Giangreco di Costruzioni in Legno, Ferro e Cemento Armato, Bruno Maria Apollonj Ghetti di Disegno, Riccardo Sersale di Chimica Applicata, Arturo Polese di Tecnica ed economia dei trasporti , Gastone Maresca e Salvatore Ruiz di Costruzioni Stradali e Ferroviarie, Giovanni Battista Collura di Fisica Tecnica   E, verso la fine degli anni Cinquanta , si ebbero i primi vincitori di concorso di formazione locale, che, in qualche caso, andarono a ricoprire posti di titolarità in altre Università. Dal 1° Novembre 1960, il Prof. Pietro Matildi divenne ad esempio titolare di Tecnica delle Costruzioni presso l'Università di Trieste.