Presso la sede di Taranto del Politecnico, ubicata in Viale del Turismo, 8 – Quartiere Paolo VI, in un edificio dato in comodato d’uso gratuito per 60 anni dal Comune di Taranto e in parte dalla Provincia di Taranto, ha operato sino al 30 settembre 2012 la II Facoltà di Ingegneria, nata con la stessa legge istitutiva del Politecnico nel 1990, come ulteriore sede amministrativa dello stesso Ateneo. Essa avviò le proprie attività nell’A.A. 1992/93 con l’allora unico Corso di Laurea in Ingegneria per l’Ambiente e il Territorio, specifico del territorio meridionale e in particolare di quello jonico. Negli anni successivi vennero anche erogati il Diploma Universitario in Ingegneria dell’Ambiente e delle Risorse e il Diploma Universitario in Ingegneria delle Infrastrutture. Con il piano Triennale 2001/03 vennero attivati 3 nuovi Corsi di Laurea (in Ingegneria Civile, Industriale e dell’Informazione) oltre all’esistente Corso di Laurea in Ingegneria per l’Ambiente ed il Territorio, secondo la nuova normativa del D.M. 509/99. Furono anche istituiti qualche anno dopo anche i corsi di laurea specialistica conseguenti, nonché il Dottorato di Ricerca in Ingegneria dell’Ambiente e del Territorio. Il Piano nacque da un assiduo confronto di idee tra le due Facoltà di Ingegneria, sulla base di un approfondito riscontro delle esigenze territoriali compiuto attraverso la partecipazione diretta nella Commissione Programmazione e Sviluppo della Facoltà delle principali Istituzioni del territorio della provincia jonica, in particolare di: Provincia di Taranto, Comune di Taranto, Consorzio Universitario Jonico, Associazione Industriali, Ordine Provinciale degli Ingegneri, Camera di Commercio.
Le Istituzioni Territoriali chiesero con convinzione ulteriori Lauree in Ingegneria, legate al “nuovo” sviluppo economico (EVERGREEN, DISTRIPARK), alla tradizione marinara (maggiore base della Marina Militare ed annesso maggiore Arsenale Navale di Italia), ai traffici aeroportuali e satellitari (Alitalia, Aeroporto di Grottaglie, Alenia), alla vocazione turistica, oltre che alle esigenze delle PMI e degli Enti locali.
Anche per tale motivo la Provincia di Taranto ha contribuito economicamente negli anni allo sviluppo della Facoltà di Ingegneria di Taranto ed ha concesso in comodato gratuito un ulteriore edificio ivi adiacente, per ospitare il DIASS (Dipartimento di Ingegneria dell’Ambiente e per lo Sviluppo Sostenibile, a carattere fortemente intersettoriale e territoriale), disattivato poi il 31 dicembre 2011.
Lo stesso Comune di Taranto ha contribuito economicamente per lo sviluppo della sede, ha offerto in comodato gratuito le sei grandi aule per la didattica, ha messo a disposizione fondi per borse di studio e di ricerca, nonché premi di laurea.
Con l’applicazione del D.M. 270/2004 e soprattutto della Nota operativa MIUR N.160/2009 e dei DD.MM. 17 e 50/2010, i Corsi di Studio subirono una radicale razionalizzazione a livello nazionale, e molti di essi furono ridimensionati e persino soppressi. Anche al Politecnico toccò sorte analoga, e in particolare presso la sede di Taranto fu necessario dapprima accorpare alcuni corsi di studio e successivamente, con la riorganizzazione dell’intera offerta formativa del Politecnico, introdurre dei nuovi corsi di studio organizzati secondo il modello interfacoltà, offrendo nella sede di Taranto, a partire dall’A.A. 2011/12, tre percorsi completi (laurea triennale + laurea magistrale), organizzati come curricula dei corsi interfacoltà, rispettivamente nelle aree Civile/Ambientale (Ambiente e Territorio), Meccanica (Sistemi Industriali), Elettronica (Elettronica per l’Industria e l’Ambiente). 
In particolare, con l’offerta 2015/16 il Politecnico intese investire sulla sede di Taranto, connotandola con due nuovi corsi di laurea specifici, in diretta connessione e condivisione di intenti e di risultati con gli stakeholder del territorio: Ingegneria dell’Ambiente e Ingegneria dei Sistemi Aerospaziali. Con l’A.A. 2018/19 il Corso di Laurea in Ingegneria dell’Ambiente si è trasformato in un curriculum territoriale del Corso di Laurea in Ingegneria Civile e Ambientale.

I Presidi della II Facoltà di Ingegneria sono stati nell’ordine:

- dall’Istituzione al 30/09/1997 - Prof. Alfredo SOLLAZZO (Presidente del CTO)
- Triennio Accademico 1997/2000 - Prof. Antonio FEDERICO
- Triennio Accademico 2000/2003 - Prof. Lorenzo LIBERTI
- Triennio Accademico 2003/2006 - Prof. Lorenzo LIBERTI
- Triennio Accademico 2006/2009 - Prof. Orazio GIUSTOLISI
- Triennio Accademico 2009/2012 - Prof. Gregorio ANDRIA